Un lieu propice pour l'implantation d'une colonie agricole
Au milieu du XVI ^e siècle, les génois en quête de terres agricoles pour la production de céréales souhaitaient exploiter certaines plaines de Corse fertiles et voisines (assez proches de Gênes).
Le secteur de Porto-Vecchio s'y trouvait particulièrement propice grâce à ses importants atouts :

• Une rade facile d'accès et bien protégée ;
• Un arrière pays fertile.

Un lieu d'abris pour les pirates barbaresques
Mais ce secteur comportait de nombreux abris pour les pirates des mers qui y avaient établi leur base, repoussant par là même les agriculteurs et bergers potentiels des terres éloignées des rivages.

La chasse aux barbaresques et l'édification de la forteresse
Ainsi, préalablement au développement de l'agriculture dans le secteur, il convenait d'en chasser les barbaresques.
En même temps, leur élimination de la mer tyrrhénienne avait pour but de protéger le commerce maritime des génois.

L'édification de la forteresse au milieu du XVIe siècle. La première colonisation... n'aura duré que 5 ans environ

C'est dans cette perspective qu'il fut décidé de construire un fort à Porto-Vecchio dont la mission était de défendre le port, les côtes ainsi que les terres environnantes. Dès 1539, Porto-Vecchio commence à être habité par des gens venant de la Rocca et par des émigrés de Gênes. Ceux-ci commencèrent à travailler la terre en même temps qu'ils battirent des tours pour augmenter la défense des sites.
Cette première colonisation fut cependant vouée à l'échec :

• D'une part la piraterie continuait et entretenait un climat d'insécurité ;
• D'autre part les terres maritimes restaient hostiles et la malaria faisait des ravages parmi les habitants.

En outre, les corses des régions voisines et certains résidents de la ville restent hostiles aux génois, voyant d'un mauvais oeil ces étrangers occuper des lieux qui étaient de tout temps nécessaires à leurs activités pastorales.
Les derniers habitants abandonnent la colonie et la citadelle reste inachevée et déserte.

La seconde colonisation, vouée à l'échec, aura duré une vingtaine d'années (1546 - 1565)
Pour donner plus de chance à la nouvelle entreprise de colonisation du site de Porto-Vecchio, l'office de Saint Georges, alors administrateur de la Corse, jugea bon de faire appel à des corses habitants de la région et davantage susceptibles de s'acclimater.
La politique de promotion s'avéra assez efficace puisque de nombreuses familles se portèrent volontaires. Toutefois, les mêmes causes produisant les mêmes effets (insécurité, insalubrité et mauvaise gestion) cette deuxième colonisation fut vouée à l'échec et la cité devint à nouveau déserte.

Le démantèlement de la citadelle en 1565
Après y avoir laissé une garnison réduite, les génois décidèrent d'abandonner la place et de raser ce qui faisait de Porto-Vecchio une forteresse en 1565. La citadelle fut livrée aux démolisseurs qui la démantelèrent.

La troisième tentative de colonisation
La troisième tentative de peuplement commença en 1578, après 13 années d'abandon de la ville, avec l'arrivée de 200 familles venues de la région de Ventimiglia, qui donnèrent le nom de Ventimiglia la Nuova à la cité.
Toutefois, démunis de tout et ne pouvant s'intégrer dans un environnement aussi hostile, cette colonisation fut très rapidement vouée à l'échec. Après un an, plus de la moitié des familles avait déjà déserté la ville (ne restaient que 200 personnes sur les 460 arrivées par vaisseau en 1578).
Avec le nouvel abandon de la ville, les murailles qui avaient été consolidées en partie sont à nouveau détruites par les soldats génois en 1581.
Après une nouvelle tentative de colonisation, entre 1588 et 1600, également vouée à l'échec, Porto-Vecchio redevient pratiquement inhabitée. La forteresse est quasiment en ruines, peu gardée et laisse le port à la convoitise de ceux qui veulent s'en emparer.

L'enceinte fortifiée représente un quadrilatère d'un peu moins de 3 hectares édifié en hauteur sur un socle rocheux avec des murailles flanquées de 5 bastions :
Le bastion nord-est (1), actuel bastion de France, était affecté à la garde du port. Ce bastion, le plus grand, était terminé en 1542 ;
Les remparts côté mer (A et A'), de part et d'autre du bastion de Sant' Antonu (2), devaient atteindre 6 mètres de hauteur. En 1542, le quart seulement de ces remparts était réalisé ;
Le mur qui relie le bastion de France à celui du moulin à vent devait atteindre 10 mètres de haut. 3,5 mètres en étaient construits en 1542 ;
Le bastion du moulin à vent mesure 6 mètres de haut en 1542, 5 mètres restaient à construire ;
Entre les bastions du moulin et du Palazzo, le mur prévu de 10 mètres de haut est construit à mi-hauteur ;
Le bastion du Palazzo est à 9 mètres de haut sur les 13 mètres prévus ;
Le mur qui relie le bastion du Palazzo à celui de Funtana Vechja atteint 5 mètres de haut sur un total de 11,5 mètres.

Une période de lente croissance tout au long du XVIII ^e siècle.
Au cours du XVIII ^e siècle, en cette période charnière où la Corse va trouver sa voie et son indépendance, la cité de Porto-Vecchio se maintient avec quelques centaines d'habitants (environ 300 en 1740, près de 500 à d'autres périodes).
Durant cette période du XVIII ^e siècle, Quenza et Porto-Vecchio sont inséparables :
D'abord par des liens de sang entre les habitants.
En outre par l'organisation de la transhumance, les plaines fertiles de Porto-Vecchio au climat doux en hiver restent très hostiles en période estivale (air pestilentiel et maladies).
Par ailleurs, existait encore la nécessité de pouvoir s'abriter des raids barbaresques et autres pillards qui demeuraient encore.
Après la longue période de la guerre d'indépendance qui a duré une grande partie de XVIII ^e siècle, la ville va connaître un nouvel (ou réel) essor.