L'objectif est de promouvoir une gestion adaptée des habitats naturels et des habitats de la faune et la flore sauvage, tout en respectant les exigences économiques, sociales et culturelles ainsi que les particularités régionales et locales de chaque état membre.

Les activités humaines sont autorisées dans ces habitats dès lors qu'elles n'ont pas d'effets significatifs par rapport aux objectifs mentionnés à l'alinéa ci-dessus. Les activités piscicoles, la chasse et les autres activités cynégétiques pratiquées dans les conditions et sur les territoires autorisés par les lois et règlements en vigueur, ne constituent pas des activités perturbantes ou ayant de tels effets.

Il est composé de sites désignés spécialement par chacun des Etats membres en application des directives européennes dites "Oiseaux" et "Habitats" de 1979 et 1992.

La protection des habitats au titre de la directive « oiseaux » est réalisée par le biais de la désignation de Zones de Protection Spéciales (ZPS).

Les Zones de Protections Spéciales permettent de protéger toutes les espèces d'oiseaux Elle vise à assurer la protection de toutes les espèces d'oiseaux vivant naturellement à l'état sauvage sur le territoire communautaire.

Les Zones Spéciales de Conservation assure la protection de l'ensemble des autres espèces
La protection des habitats au titre de la directive « habitat » est menée à travers la délimitation de Zones Spéciales de Conservation (ZSC).

La directive « habitat » est en fait la réplique de la directive « oiseaux » étendue à l'ensemble des autres organismes vivants.

Porto-Vecchio compte sept sites, de tailles très diverses, protégés au titre de Natura 2000. Ils se répartissent en deux Zones de Protection Spéciale et cinq Sites d'Importance Communautaire (SIC).

Liste des sites Natura 2000 présents sur le territoire de Porto-Vecchio

La forêt de l'Ospédale
Superficie : 733 ha, Altitude maximale : 1314 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
Ce site abrite des habitats forestiers d'intérêt européen en particulier des pinèdes endémiques. Cette zone est fréquentée ponctuellement par des mouflons.
C'est une région potentiellement importante pour l'espèce dans la perspective d'une reconquête de son aire de répartition. On note la présence de magnifiques populations de reptiles et amphibiens d'intérêt européen : le lézard Phyllodactyle, les trois espèces de batraciens endémiques, les deux Discoglosses et l'Euprocte. On trouve dans ce secteur toutes les espèces d'amphibiens de Corse.

Les forêts domaniales de Corse
Superficie : 4935 ha dont une partie seulement sur le territoire de Porto-Vecchio, Altitude maximale : 2057 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
Cet ensemble de forêts domaniales de la chaîne montagneuse centrale de la Corse se répartit sur 5 secteurs d'une taille variant de 300 à 1800 ha. L'essentiel des peuplements est constitué de pins laricio, en général pur et parfois en mélange avec le pin maritime (Sambucu, Ospédale...).
Ces zones ont été identifiées comme des biotopes de prédilection de la Sittelle corse, seule espèce endémique française métropolitaine, inféodée aux formations à pin laricio et aux peuplements mixtes pins laricio / maritime. Plus de 15% des effectifs de l'espèce sont présents dans cette ZPS.

La Baie de Stagnolu / golfu du Sognu
Superficie : 120 ha, Altitude maximale : 5 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
La baie de stagnolu/golfu di Sognu présente à l'échelle du littoral de la Corse une grande originalité du fait de la présence de trois habitats marins très localisés en France méditerranéenne : les bancs de sable à faible couverture d'eaux marines, les grandes baies et criques peu profondes et l'habitat estuaire.

La Suberaie de Ceccia
Superficie : 1 117 ha, Altitude maximale : 173 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
Cette zone couvre une partie importante des plus belles suberaies de Corse. Il s'agit d'un secteur présentant également les plus fortes densités de Tortue d'Hermann de Corse, ainsi que les habitats fréquentés par cette espèce les mieux conservés de l'île et de France ! (entre 4,5 et 17 tortues à l'hectare).

Les Iles Cerbicale et frange littorale
Superficie : 3698 ha, Altitude maximale : 35 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
Cette zone comprend les milieux côtiers de la région de Palombaggia - Tamaricciu - Acciaju (marais, dunes, plages et rochers) et un ensemble d'îles et d'îlots parmi les plus remarquables de Corse, abritant une faune et une flore de grande valeur.
Ce site inclue également une très importante zone marine (herbiers de Posidonies) et des zones de nourrissage de la tortue caouane (Caretta caretta)

Les Iles Cerbicale
Superficie : 5 207 ha, Altitude maximale : 36 m, Région biogéographique : Méditerranéenne
La surface de ce site est en partie comprise dans le site des îles Cerbicale et frange littoral.
Le réseau Natura 2000 à Porto-Vecchio